Um dia, chegou um pedido com as palavras: “Quero que o líder do grupo de bandidos que está comendo o ninho em uma certa cidade portuária, Geese, seja preso”. Natsu e a equipe, que esperavam ansiosamente pela grande recompensa, partiram para o local do pedido animados. No entanto, devido a um erro cometido por Lucy, eles deixaram Geese escapar bem na frente de seus olhos. Com o pedido fracassado, Lucy, que estava deprimida e sozinha, encontrou uma garota misteriosa chamada Eclair e um pássaro estranho chamado Momon no caminho para casa. De alguma forma, Eclair perdeu a memória e a única coisa de que se lembra é que deve entregar a “Pedra da Fênix” que está em sua posse em algum lugar. Eclair, que odeia magia, e os segredos escondidos na Pedra da Fênix... esse encontro é o início de um novo inimigo e de uma trama sinistra que confrontará a Fairy Tail.